Dans Warhammer 40,000 : Conquest, un jeu de cartes vivant à deux joueurs, vous incarnez un chef de guerre, menant vos armées au combat contre votre adversaire dans le but de remporter une glorieuse victoire. Même si vous menez vos guerriers les plus courageux au combat, vous devez planifier l'avenir, en établissant une présence sur les planètes avant que les marées de la guerre ne les consument dans le sang et le feu. Vous devez conquérir le secteur Traxis par la force des armes car dans les sombres ténèbres d'un futur lointain, il n'y a que la guerre.

Warhammer 40,000 : Conquest introduit sept factions distinctes : Space Marines, Astra Militarum, Orks, Chaos, Dark Eldar, Eldar et Tau. Chacune de ces factions possède une saveur et un style de jeu uniques, et une roue d'alignement introduit la possibilité de former une alliance entre deux factions.

Au début du jeu, le secteur Traxis s'ouvre devant vous, avec des planètes attendant le pas des armées sur le chemin de la guerre. Chaque tour commence avec vous et votre adversaire vous préparant au combat. Les cartes Planète sont disposées en rangée entre les joueurs au début du jeu, et la planète la plus à gauche du premier joueur est la première planète. À chaque tour, vous ou votre adversaire vous affronterez sur la première planète, et le vainqueur capturera la première planète.

Capturer des planètes est votre objectif ultime. Certaines planètes possèdent des matériaux essentiels nécessaires aux armées du 41e millénaire. D’autres offrent des avantages stratégiques à ceux qui les détiennent, tandis que d’autres encore abritent une grande richesse technologique. Chacune des cartes planète possède un ou plusieurs symboles dans le coin supérieur gauche, désignant les atouts de cette planète. Ces symboles n'accordent aucune capacité en eux-mêmes, mais le premier joueur à collecter trois planètes partageant un symbole commun domine le secteur et remporte la partie.

Votre seigneur de guerre accorde de puissantes capacités spéciales, détermine vos ressources de départ et la taille de votre main, et constitue un élément essentiel de votre armée. Vous souhaiterez donc construire votre deck autour de votre seigneur de guerre pour tirer pleinement parti de ses forces — et couvrir ses faiblesses, car vaincre le seigneur de guerre de l'adversaire est une autre façon de remporter la victoire.